Функционирование и работа Центра медицинской экспертизы осуществляется при Министерстве здравоохранения России.

Это учреждение состоит из сектора экспертных исследований и научно-исследовательского института судебной медицины.Наряду с Центром медицинской экспертизы на территории России существуют около 90 территориальных экспертных отделов, которые в свою очередь делятся на городские, районные и межрайонные отделения медицинских исследований.Сотрудники Центра медицинской экспертизы проводят следующие исследования:- экспертизы трупов, но только если смерть была насильственной, например, колото-резанные ножевые ранения на теле потерпевшего;- экспертизы трупов, если есть подозрение, что над телом могло применяться насилие, а также учитывая другие обстоятельства, которые обусловливают необходимость проводить исследование трупа в таком порядке, например, тела лиц, скоропостижно умерших, когда специалист не может определить причину смерти, и не выдано свидетельство о смерти, или же человека, которого невозможно узнать и установить его личность;− экспертизы потерпевшего, обвиняемого с целью определения характера и тяжести нанесенного вреда здоровью, репродуктивным способностям, трудоспособности и других момент, выяснение которых требует специальных знании медицины;- экспертизы вещественных доказательств;- экспертизы по материалам уголовных и гражданских дел.В Центре медицинской экспертизы также проводятся научные разработки по имеющимся у человека патологиям и специальным медицинским вопросам, проводится анализ данных о скоропостижной смерти, травм, всех видом отравлений, а также проводятся занятия по специальности с медицинскими экспертами и химиками, биохимиками и биологами с целью их усовершенствования.Руководит деятельностью Центра медицинской экспертизы начальник, который одновременно является главным специалистом в области медицины конкретного органа здравоохранения.Организационная структура Центра медицинской экспертизы состоит из таких экспертных отделов: живых лиц (амбулатория); трупов и гистологии (танатология); вещественных доказательств с различными подразделениями.

Каждое отделение Центра медицинской экспертизы должно соответствовать основным объектам исследования.

Самые сложные экспертизы проводятся комиссией экспертов, руководит которой начальника или его первый заместитель.